Microbial group | Factor | Comparison | Odds ratio (OR)c | 95% CI | P-value | |
---|---|---|---|---|---|---|
25% | 75% | |||||
Mannheimia | Stressora | W | 0.70 | 0.27 | 1.80 | 0.46 |
 |  | W + T | 1.61 | 0.59 | 4.54 | 0.35 |
 | Sampling timeb | D2 | 15.04 | 2.91 | 120.85 |  < 0.01 |
 |  | D4 | 34.85 | 5.10 | 409.30 |  < 0.01 |
 |  | D8 | 9.79 | 1.96 | 75.76 | 0.01 |
 |  | D14 | 9.16 | 1.92 | 68.71 | 0.01 |
 |  | D28 | 4.99 | 1.03 | 37.16 | 0.07 |
Pasteurella | Stressor | W | 0.06 | 0.36 | 2.47 | 0.90 |
 |  | W + T | 0.35 | 0.52 | 3.93 | 0.50 |
 | Sampling time | D2 | 2.35 | 2.21 | 63.83 |  < 0.01 |
 |  | D4 | 2.34 | 1.86 | 87.02 | 0.01 |
 |  | D8 | 1.50 | 1.09 | 20.93 | 0.04 |
 |  | D14 | 0.51 | 0.44 | 6.80 | 0.46 |
 |  | D28 | 0.40 | 0.39 | 6.16 | 0.56 |
Histophilus | Stressor | W | 1.31 | 0.52 | 3.39 | 0.57 |
 |  | W + T | 1.11 | 0.42 | 2.94 | 0.82 |
 | Sampling time | D2 | 5.49 | 1.30 | 26.79 | 0.02 |
 |  | D4 | 11.12 | 2.00 | 93.74 | 0.01 |
 |  | D8 | 1.15 | 0.28 | 4.94 | 0.84 |
 |  | D14 | 1.04 | 0.27 | 4.31 | 0.95 |
 |  | D28 | 1.84 | 0.48 | 7.60 | 0.37 |
Haemophilus | Stressor | W | 0.30 | 0.11 | 0.81 | 0.02 |
 |  | W + T | 0.67 | 0.25 | 1.80 | 0.43 |
 | Sampling time | D2 | 9.26 | 1.97 | 56.00 |  < 0.01 |
 |  | D4 | 50.37 | 6.14 | 1161.44 |  < 0.01 |
 |  | D8 | 2.99 | 0.66 | 16.68 | 0.17 |
 |  | D14 | 2.67 | 0.61 | 14.39 | 0.21 |
 |  | D28 | 2.51 | 0.57 | 13.64 | 0.24 |
Moraxella | Stressor | W | 1.16 | 0.47 | 2.88 | 0.75 |
 |  | W + T | 1.15 | 0.45 | 2.92 | 0.77 |
 | Sampling time | D2 | 4.24 | 1.03 | 19.64 | 0.05 |
 |  | D4 | 4.51 | 0.96 | 24.75 | 0.06 |
 |  | D8 | 2.99 | 0.75 | 13.10 | 0.13 |
 |  | D14 | 1.69 | 0.45 | 6.90 | 0.45 |
 |  | D28 | 2.14 | 0.56 | 8.87 | 0.27 |
Mycoplasma | Stressor | W | 1.91 | 0.79 | 4.76 | 0.15 |
 |  | W + T | 0.69 | 0.28 | 1.73 | 0.43 |
 | Sampling time | D2 | 1.10 | 0.27 | 4.63 | 0.89 |
 |  | D4 | 1.57 | 0.34 | 7.52 | 0.57 |
 |  | D8 | 1.64 | 0.41 | 6.91 | 0.49 |
 |  | D14 | 1.58 | 0.41 | 6.32 | 0.51 |
 |  | D28 | 1.74 | 0.45 | 7.09 | 0.42 |
Microvirus | Stressor | W | 1.57 | 0.62 | 4.10 | 0.35 |
 |  | W + T | 2.32 | 0.88 | 6.43 | 0.09 |
 | Sampling time | D2 | 0.34 | 0.07 | 1.44 | 0.15 |
 |  | D4 | 0.25 | 0.04 | 1.25 | 0.10 |
 |  | D8 | 2.74 | 0.66 | 12.16 | 0.17 |
 |  | D14 | 1.35 | 0.35 | 5.25 | 0.65 |
 |  | D28 | 1.69 | 0.44 | 6.75 | 0.44 |
P2-like virus | Stressor | W | 1.15 | 0.47 | 2.85 | 0.76 |
 |  | W + T | 0.73 | 0.28 | 1.84 | 0.50 |
 | Sampling time | D2 | 1.85 | 0.46 | 7.78 | 0.39 |
 |  | D4 | 2.69 | 0.57 | 14.16 | 0.22 |
 |  | D8 | 0.51 | 0.12 | 2.04 | 0.34 |
 |  | D14 | 0.94 | 0.25 | 3.54 | 0.92 |
 |  | D28 | 0.73 | 0.19 | 2.80 | 0.65 |